La formation d'une perle est une phase anormale des processus bilogiques d'un mollusque. Il y a 4500 ans, les peuples asiatiques et orientaux croyaient que les perles étaient formées par les gouttes de la rosée, tombées à l'intérieur d'un mollusque.

J'insiste sur le fait que la formation d'une perle naturelle est un fait purement accidentel et, évidemment naturel, correspondant à une réaction extraordinaire du mollusque lorsqu'un corps étranger le pénètre. Ce corps peut être un parasite (trématodes ou cestodes), un grain de sable ou plus simplement un minuscule fragment de coquille.

Lorsque le mollusque reçoit un corps étranger, il réagit en fixant sur ce dernier du carbonate de calcium et de la conchyoline. Ainsi naît la perle naturelle et sa croissance peut se poursuivre jusqu'à la mort du mollusque producteur.

Déjà en 1852, Filippo De Filippi (vice directeur du Museo di Storia Naturale de Milan et par la suite de celui de Turin) découvrit que les perles produits par un mollusque d'eau douce provenaient de l'enkystement d'un parasite dans le manteau. Plus tard, le japonais Tokichi Nischitawa comprit que pour qu'une perle puisse se former, il fallait, outre le corps étranger, le tissu épithélium du manteau.

Le corps étranger peut se fixer sur les parois de nacre du mollusque récepteur  et on aura ainsi une perle « blister » (la partie adhérant à l'intérieur de la coquille est plate) ou bien enkyster dans les plis du manteau et on aura une perle normale à la forme plus ou moins sphérique. La couverture du minuscule corps étranger advient par couches concentriques. Celles-ci sont constituées de lamelles de carbonate de calcium (aragonite) et de pellicules de conchyoline donnant aux perles cet effet particulier appelé « orient » ou pour utiliser un terme moins fascinant mais plus scientifique « irisation ».

Les mollusques pouvant produire des perles sont principalement les lamellibranches et les gastéropodes. Parmi les lamellibranches marins, rappelons les suivants : Pinctada meleagrina, margaritifera, fucata, radiata, margaritifera de variété mazatlantique, maxima, Pina nobilis. Parmi les gastéropodes rappelons le Strombus gigas et Haliotis. Nous pouvons citer parmi les mollusques d'eau douce : Unio et Hyriopsis schegeli.

Il est nécessaire de préciser que la couleur des perles peut dépendre des facteurs suivants :

- du mollusque producteur,

- de l'eau dans laquelle vit le mollusque,

- de la couleur de la pellicule de conchyolone étant à proximité de la surface de la perle.